在柳州市城市建設(shè)和改造工程中，2006年8月至10月，柳州市博物館文物工作隊會同廣西文物考古研究所在距今靈泉寺東南80米處的區(qū)域進行搶救性考古發(fā)掘，發(fā)掘面積約500平方米。經(jīng)過發(fā)掘清理，揭露地下遺址約300平方米，清理出靈泉寺3期建筑遺跡：一期約為唐代，二期約為北宋末期至南宋中期，三期約為明代中期。

唐代遺跡主要為柱洞，由于受到后期建筑的影響，通過清理發(fā)掘，發(fā)現(xiàn)唐代柱洞5個，分布在建筑基址的中部。柱洞形制為圓形、直壁和弧狀底。根據(jù)柱洞分布狀況可推測，唐代靈泉寺應(yīng)為面闊3間，進深2間的建筑規(guī)模。文化遺物有唐代碑刻一方，損壞較為嚴重；唐代“開元通寶”錢幣2枚，其中一枚背面有“洛”字銘文；瓦當約10件，均飾蓮子紋，具有明顯唐代中晚期的時代特征。

宋代建筑遺跡為本次發(fā)掘的主要成果，主要有大面積的鋪磚地面、柱洞、火塘、天井和排水溝等。鋪磚地面為南北走向，長20.6米，寬8.2米，面積近170平方米。地面為青磚錯縫砌成，地面東側(cè)用卷草紋花磚砌邊，花磚多殘缺。根據(jù)此次發(fā)掘的青磚地面看，宋代靈泉寺是以天井為中心左右對稱的建筑，目前發(fā)現(xiàn)的宋代靈泉寺建筑遺址是在唐代建筑基礎(chǔ)上進行擴建而成。目前發(fā)現(xiàn)的宋代柱洞分布在天井右側(cè)，共12個，均為圓口，直壁、平底，底部有磚塊或瓦片。根據(jù)柱網(wǎng)可推測天井右側(cè)的建筑為面闊3間，進深3間。由于天井左側(cè)目前尚未發(fā)掘，推測在天井的左側(cè)也應(yīng)該存在同樣的建筑布局。如果推測屬實，那么宋代靈泉寺建筑則為面闊7間，進深3間的規(guī)模。天井位于遺址鋪磚地面的北部，平面為長方形，長3.9米，寬2.14米，深0.2米，邊緣用青磚圍砌而成。排水溝位于鋪磚地面的北部西側(cè)，殘長4.2米，寬0.2米，深0.3米。該水溝兩側(cè)為長方形花磚砌成，花磚上飾“回”紋，圖案較為精美，圖案均朝向水溝內(nèi)側(cè)。水溝內(nèi)填灰黃色黏土，較疏松，填土底部有似火燒痕跡。

火塘2個，分布在地面南部，1號火塘平面形狀近橢圓形、直壁、平底。火塘底部及四壁有厚約0.06米的燒土層，塘內(nèi)填充灰黑色黏土，包含大量瓦礫、磚塊等，結(jié)構(gòu)疏松，無其他遺物出土。2號火塘較小，形制為圓口、直壁、平底，底部和四壁有厚約0.03米的燒土層，內(nèi)部填充物質(zhì)同1號火塘。礫石堆積均分布在發(fā)掘區(qū)西部，共7處，分2列呈南北分布。礫石堆積均呈近方形，略高出地面，由石英巖礫石堆積而成。

圍墻墻基處于遺址西南角，由鋪磚地面向西延伸，殘長2.7米，寬0.7米，厚0.4米。墻基由內(nèi)、外側(cè)結(jié)構(gòu)組成，外側(cè)為一排小青瓦豎向堆積而成。內(nèi)側(cè)上部為石板鋪設(shè)，石板呈長方形，下部為青磚砌成，呈階梯狀，青磚同地面磚。由于該墻基連接靈泉寺遺址地面，推測其可能為靈泉寺遺址的圍墻。宋代遺物有建筑構(gòu)件、瓷器、錢幣、銅鏡等。建筑構(gòu)件有瓦當、滴水、板瓦、筒瓦等。其中以瓦當和滴水為主，瓦當種類約有十種之多，有蓮花紋、蓮花“卍”字紋、菊花紋、蓮子紋等，其中以蓮花“卍”字紋最多，該種瓦當制作規(guī)整，紋飾精美，是佛教建筑最明顯，用意最深刻的構(gòu)件之一。滴水多殘缺，主要紋飾有草葉紋和纏枝紋兩種，制作規(guī)整，造型精美。

遺址出土最多的為宋代的青瓷片，釉色有青瓷釉、醬釉、黑釉及窯變釉等，種類有碗、盞、杯、盤、罐、壺等，樣式較多，制作精致。從器物特征及飾釉工藝來看，多數(shù)器物是產(chǎn)自柳州本地，即柳城窯，少量來自外地，如桂林永福窯和興安窯等。錢幣共發(fā)現(xiàn)10枚，有“圣宋元寶”、“祥符通寶”、“元豐通寶”、“熙寧重寶”、“熙寧元寶”，其余錢幣或銘文不全或字跡模糊，難以確認。銅鏡1件，殘缺，背面鑄有“天寧”，略有腐蝕。

據(jù)史料記載，靈泉寺（原大云寺）始建于武則天載初元年（690年）。唐元和十二年（817年）柳宗元修復(fù)大云寺并撰有《柳州復(fù)大云寺記》。北宋元祐三年（1088年）大云寺易名為靈泉寺，后屢次更名。明代萬歷年間曾重修靈泉寺，后屢廢屢建。通過此次清理，考古工作者對唐、宋、明時期柳州靈泉寺遺址在建筑規(guī)模、建筑形制及宗教文化方面的影響有了進一步的了解。靈泉寺遺址的發(fā)現(xiàn)不僅彌補了柳州歷史上唐宋時期，尤其是宋代的文化空白，還對研究柳州唐宋及明代佛教的發(fā)展情況，佛教建筑和佛教生活等方面有著重要的參考價值。