在批復文件中，國家文物局就猿人洞遺址保護方案的修改和完善給出了具體指導。

國家文物局指出，有關(guān)部門應(yīng)結(jié)合已開展保護措施的效果評估，進一步說明采用整體覆罩形式搭建大體量保護性建筑的必要性。至于局部防風雨和防風化的需求，建議積極考慮采用小型現(xiàn)代化防護設(shè)施解決。保護性建筑設(shè)計應(yīng)遵循“最小干預”的原則，盡可能減少對遺址本體的擾動和對傳統(tǒng)景觀的改變。

如果對遺址整體覆罩，內(nèi)部微環(huán)境是否會發(fā)生變化？這種變化對遺址保存有何影響？國家文物局要求有關(guān)部門補充科學的分析數(shù)據(jù)及模擬實驗數(shù)據(jù)，如棚內(nèi)采光分析、風洞試驗、棚內(nèi)溫濕度等數(shù)據(jù)，在此基礎(chǔ)上論證保護方案的可行性。

在上報的方案中，保護建筑頂部擬采用鋼結(jié)構(gòu)設(shè)計。國家文物局要求應(yīng)補充必要的結(jié)構(gòu)措施，確保小塊體構(gòu)件拼接良好。同時應(yīng)對保護建筑內(nèi)部通風進行計算和實驗分析，確保風力作用下的頂部結(jié)構(gòu)安全。要求應(yīng)盡可能降低頂部結(jié)構(gòu)密度，增加自然采光，利于通風，便于日常維護。

此外，針對建筑內(nèi)部擬建設(shè)的S形旋轉(zhuǎn)步道，國家文物局指出，這與遺址整體風貌不相協(xié)調(diào)，且不利于參觀崖壁標準剖面，應(yīng)予取消，并根據(jù)遺址展示需要另行設(shè)計參觀路徑。