中國人很早就發(fā)現(xiàn)了黃巖島，1279年，元代科學家郭守敬進行"四海測驗"時，在南海的測量點就是黃巖島。
1935年1月，中華民國水陸地圖審查委員會將黃巖島列入中國版圖。1947年底，中華民國內(nèi)政部正式編制出版的《南海諸島位置圖》，也將黃巖島(時稱"民主礁")劃在國界線內(nèi)。
上世紀70年代末，中國曾組織多次赴黃巖島的科考活動。中國測繪局、地震局、海洋局于1980年在黃巖島上設立了南?？茖W考察主權碑。1983年，中國地名委員會公布的《我國南海諸島部分標準地名》，將"黃巖島"定為標準名稱。
1997年，菲律賓毀掉了中國在黃巖島上的南?？茖W考察主權碑和衛(wèi)星遙感測試地標，頻頻挑起事端，企圖徹底侵占我國南沙群島、中沙群島的黃巖島等島嶼……
黃巖島是南海中沙群島中唯一露出水面的島嶼，四周為距水面半米到3米之間的環(huán)形礁盤，形成面積為130平方公里、水深為10到20米的天然潟湖。東南端有400米的通道與外海相連，是極好的漁場和避風港。
黃巖島上的衛(wèi)星遙感測試地標，后被菲律賓毀壞。上世紀90年代前，國際社會對中國擁有黃巖島主權從未提出任何異議。1935年菲律賓頒布的《憲法》和1961年的菲律賓《領?；€法》中，東經(jīng)118°線為菲律賓領土的西部邊界，而黃巖島在此之外。
1994年，中國無線電運動協(xié)會聯(lián)合美國、日本等多國無線電愛好者組織了第一次"黃巖島遠征"。國際認可的中國黃巖島無線電呼號"BS7H"向全世界呼叫。在"BS7H"中，B代表中國的無線電臺，S表示南海諸島，7表示其行政歸屬的海南省在我國的第7區(qū)，H就表示黃巖島。
1997年5月，中國業(yè)余無線電遠征隊乘坐國家海洋局的海監(jiān)船第三次抵達黃巖島時，菲律賓的軍用偵察機和海軍炮艦對遠征隊的活動進行了騷擾。但遠征隊用黃巖島"BS7H"呼號，一共聯(lián)絡了全世界14000多個電臺。
1997年5月20日，菲海軍巡邏艇在黃巖島附近，扣押中國廣東漁船，拘捕了21名中國漁民。此月底，菲總統(tǒng)拉莫斯公然聲稱："菲律賓有勘探和開發(fā)黃巖島資源的主權，它是在菲律賓的專屬經(jīng)濟區(qū)之內(nèi)。"
1999年5月23日和7月，我國海南省瓊海市潭門鎮(zhèn)漁民的"瓊-03091號"和"瓊-03061號"漁船在黃巖島海域進行正常捕撈作業(yè)時，被菲律賓海軍巡邏艇野蠻撞沉，漁民先后被菲方扣押了1個多月。
2000年2月3日，菲國防部長奧蘭多·默卡多指責中國漁民在黃巖島開采珊瑚，侵犯菲律賓的權益。此后，不斷有中國漁船在黃巖島海域遭到菲律賓海軍驅(qū)逐。菲律賓在黃巖島爭議問題上，表現(xiàn)出咄咄逼人的態(tài)勢。
2011年6月17日，菲國防部宣布出動海軍旗艦"拉賈·胡馬邦"號護衛(wèi)艦前往黃巖島巡邏、以宣示所謂的主權。2012年4月10日，12艘中國漁船進入黃巖島附近海域躲避惡劣天氣，菲艦派出武裝士兵騷擾中國漁船。